Estou confuso. Você está tentando usar o WUBI no seu pen drive, ou no HDD do seu computador? Se o primeiro, por quê? e se este último, a WUBI precisa de um arquivo iso para instalar, não um pen drive inicializável. Você precisa baixar o arquivo iso e colocá-lo no mesmo diretório que o WUBI.exe. Então, quando você executar o WUBI, ele encontrará o arquivo iso e o instalará a partir dele.