Encontrei problemas semelhantes ao mover arquivos entre servidores da Web e ofereço algumas coisas diferentes que você pode experimentar.
Primeiro, certifique-se de que ao usar o Filezilla em "Transferir" - > "Transfer Type" que "ASCII" não está marcado, isso pode causar o erro que você está tendo. (Além disso, certifique-se de que os nomes dos arquivos não tenham sido alterados por algum motivo, não suspeito disso, mas já vi isso acontecer antes em um movimento).
Em segundo lugar, tente fazer "chown root: root" nos arquivos que você enviou, sério, não me pergunte por quê, mas às vezes isso acontece mesmo quando parece que os arquivos têm as permissões certas.
Por fim, baixe os arquivos que você enviou para o servidor e verifique-os em outro computador para ter certeza de que eles não foram corrompidos na transferência. Se eles estiverem, tente fazer o upload deles novamente.