Simplesmente copiar os arquivos para uma unidade não funcionará! Você precisa usar um aplicativo de gravação de imagens ISO (o Windows 7 tem um incorporado). Você terá que entrar na sua BIOS e verificar se o HDD externo está selecionado como uma opção de inicialização.
EDIT: Isso só funcionará se você estiver gravando em um CD / DVD. Se você quiser gravar em um flash drive, dê uma olhada no link . Você provavelmente terá que fazer isso primeiro e depois instalar em seu disco rígido externo durante a instalação. Você pode fazer isso quando lhe perguntar sobre o particionamento (selecione "algo mais").