É feio e inseguro, mas sim, você pode.
Veja esta página da web para instruções sobre como configurar o apt-get para use um proxy http que requer autenticação; em particular, a seção marcada "Como fazer login de um usuário proxy".
Há também o apt-get não funciona com proxy , que delineia outro método, mas ambos sofrem do mesmo problema.
Seu nome de usuário e senha são codificados em algum lugar.
Como alternativa, você poderia escrever um pequeno wrapper de script de shell para o apt-get, que poderia lhe pedir seu nome de usuário e senha, e apenas definir a variável de ambiente na memória. Ainda é inseguro, já que a memória do processo pode ser examinada, mas menos do que tê-la codificada em um arquivo.
#!/bin/bash
read -p "Username: " username
read -s -p "Password: " password
export http_proxy=http://${username}:${password}@yourproxyaddress:proxyport
sudo apt-get "$@"
Infelizmente, acho que não há nada embutido no apt-get que lide com isso para você.