Bem, eu tenho um HD3650 e entrei em problemas semelhantes. Os drivers abertos funcionavam lentamente (embora fossem utilizáveis), os proprietários eram bons em jogos, mas a área de trabalho era inútil - até mesmo mover janelas era muito lento.
Em seguida, notei que a ATI tinha JUST lançado nova versão dos drivers proprietários, que dizem ter muito melhor suporte para o X mais recente e Unity . No entanto, a ATI lançou-os tarde demais, e eles não conseguiram entrar nos repositórios do Ubuntu .
Recomendamos que você obtenha o mais novo no site da ATI
Isso, no entanto, requer instalação manual. Não se preocupe, embora este não seja um pacote .deb, a instalação é bastante simples, basta executar o arquivo do driver baixado e ele será instalado para você.
Ah, e certifique-se de desinstalar o driver (fglrx) que o Ubuntu instalou para você, antes de instalar o do site da ATI.
No meu caso, isso proporcionou uma melhoria incrível no desempenho geral, e meu desktop agora está funcionando como nunca antes (e os jogos funcionam perfeitamente também)! :) Espero que ajude você também!