Quando você usa o suporte a idiomas para definir idiomas e formatos regionais, as variáveis de ambiente resultantes são gravadas em ~/.pam_environment , como você já descobriu. Quando você aplica todo o sistema, as variáveis são gravadas em /etc/default/locale .
O motivo pelo qual LC_MESSAGES , LC_CTYPE e LC_COLLATE não estão definidos explicitamente é que LANG está definido e o nome da localidade em LANG é herdado por essas três variáveis LC_* . Você pode verificar isso executando o comando locale em vez de env | grep LC .