Isso parece ser um erro do Windows: link
Uma pesquisa no Google traz páginas e páginas sobre isso.
Você não está inicializando o Ubuntu se estiver recebendo esta mensagem.
Uma correção possível é formatar o drive USB como fat32 ou fat antes de usar o Unetbootin para criar o USB ao vivo.
Referências:
Discussão sobre os fóruns do Ubuntu sobre o erro bootmgr. link
Instruções para usar o Unetbootin. link