Você precisa de privilégios de superusuário (sudo) para criar (isto implica colar) arquivos em locais que não sejam sua própria pasta pessoal (%código%). O gksudo é apenas o sudo gráfico, então você precisa abrir aplicativos gráficos com /home/$USER/ .
Portanto, se você quiser criar arquivos / pastas em diretórios como gksudo (não /home/ ) ou /home/$USER ou qualquer outro diretório além de / , será necessário usar /home/$USER/ .