O problema básico vem das diferentes maneiras como o Unity e o Gnome Flashback integram métodos de entrada ao Unity usando as configurações de entrada de texto e ignorando ibus-setup , enquanto o Gnome Flashback ainda usa ibus-setup .
Primeiro, deixe-me dizer que estou usando o 14.04. No Unity, posso adicionar o pinyin pela entrada de texto. Quando faço login com o Gnome Flashback, o pinyin não está disponível na Entrada de texto, como você diz. Mas a troca de método de entrada do indicador da barra de menu ainda mostra que a entrada de pinyin e pinyin funciona bem.
Se este não for o caso para você em 13.10, você pode adicionar entrada pinyin do Gnome Flashback, mas funciona um pouco diferente.
Não use entrada de texto. Em vez disso, use ibus-setup em um terminal (o gui parece um pouco diferente do que costumava ser, a propósito).
Vá para a guia Método de entrada, clique em Selecionar um método de entrada e role para baixo até Mostrar todos os métodos de entrada. Talvez seja necessário clicar em Selecionar um método de entrada novamente, mas, desta vez, quando você rolar para baixo, verá chinês. Quando você realça o chinês, o pinyin e outros métodos de entrada (dependendo do que você instalou) aparecerão à direita; mas o pinyin deve estar lá por padrão. Escolha o que você quer.
Em 13.10, a integração da comutação de entrada na Entrada de Texto e o uso da nova versão de ibus-setup ainda era algo de um trabalho em andamento; então é possível que você esteja experimentando um bug. Mas seguir o método acima com ibus-setup no Gnome Flashback ou atualizar para o 14.04 deve fornecer uma solução alternativa para você.