Quando você entrar no instalador novamente, na tela que lhe pede para "Apagar tudo e instalar o Ubuntu", selecione a última opção, em vez disso, que diz como ... "Outra coisa".
Selecione todas as partições na lista, um a um, clique no botão Excluir e, no espaço vazio, clique na partição Novo botão.
Selecione a partição criada e clique em Alterar e defina como mount at /
com Use as
definido como ext4
Se você tiver memória RAM suficiente, não precisará de um espaço de troca e poderá clicar em Instalar e ignorar o aviso. Caso contrário, vá fazer um espaço de troca e continue.
Ah, mas se sua unidade for > 2 TB, então provavelmente é definido como GPT e isso pode ser a raiz do seu problema de HD. Nesse caso ... você precisa apagar a tabela de partição e redefini-la na mesma tela com as partições. Então você reinicia, relança o instalador e continua de onde parou.