Eu penso que as caixas que você está falando são notificações fornecidas pelo applet nm. Deve ser possível desativá-los na linha de comando usando gconftool
, por exemplo,
gconftool --set /apps/nm-applet/disable-connected-notifications --type boolean true
gconftool --set /apps/nm-applet/disable-disconnected-notifications --type boolean true
Eu não tenho acesso a um sistema 13.04, mas posso confirmar que eles funcionam 12.04 usando o desktop gnome classic. Você pode ver todos os parâmetros atuais do gconf e seus valores para o applet nm usando
gconftool --all-entries /apps/nm-applet