Você pode sempre apenas compilá-lo a partir do repositório do git (git: //git.gnome.org/gimp), mas se você realmente quer tecnologia de ponta o tempo todo ao invés de algo estável e bem documentado, você pode querer para tentar o gentoo ou arch. De qualquer maneira, você quer o mestre de filiais, então:
$ git clone git://git.gnome.org/gimp
$ cd gimp
$ git checkout master
e siga as instruções em INSTALL . Você pode simplesmente executar os binários a partir de sua localização nessa pasta, sem necessidade de realmente 'instalá-los' para os diretórios bin e lib da raiz.
Se você quiser duas versões conflitantes do mesmo software acessível ao aptitude, você terá que fazer alguma coisa com o desenvolvimento de pacotes.