O problema parece ser com a sobreposição da GUI do Compiz que o Saucy usa. Especificamente, as animações e o Windows Fading parecem estar causando o problema.
Instale o gerenciador de configuração
sudo apt-get install compizconfig-settings-manager
Abra o compizconfig-settings-managerGUI e navegue até Effects e desative as caixas de seleção "Animations" e "Fading Windows". Não mexa em nenhuma das outras configurações dessa ferramenta, a menos que você saiba o que está fazendo.
Se você decidir mexer com ele e quebrar sua GUI, use este guia para redefinir o compiz. link