Eu tentaria desconectar o disco do Ubuntu por enquanto, inicializando de um disco de instalação do Win 7/8 / 8.1 para obter um prompt de comando e tentando o que está descrito aqui:
Isso iria consertar sua inicialização do Windows.
Depois disso, tente inicializar com ambos os discos (talvez configure o BIOS para inicializar especificamente a partir do Ubuntu HD) e conserte o grub (talvez com este link) ( link Se você não conseguir fazer o boot para o Ubuntu com os dois discos conectados, tente uma inicialização a partir de um disco ao vivo, conforme descrito no link
Sidenote: talvez o Secure Boot esteja mexendo com você. Se tudo mais falhar, tente tudo isso novamente, com o Secure Boot desativado
Espero que ajude!