Se você instalou seu /home em uma partição separada, selecione "Algo mais ..." na instalação do Ubuntu, selecione a partição /home e marque-a como não formatar . Selecione sua partição / e use-a como / . Em seguida, continue a instalação.
Faça backups também.
Em qualquer outro caso, faça backups e reinstale de baixo para cima