O Windows e o Ubuntu precisam residir em duas partições de disco diferentes, já que seus sistemas de arquivos funcionam em diferentes formatos de arquivos:
- Windows em FAT32 ou NTFS
- Ubuntu no ext3 / ext4 ou tal padrão de formatação.
Se eu entendi a sua pergunta corretamente, você gostaria de alternar entre o Windows e o Ubuntu OS sem precisar reiniciar o PC. Receio que isso não seja possível, já que ambos terão de residir em duas partições diferentes e apenas uma delas poderá ser inicializada de cada vez.
Observação: A melhor solução possível para você pode ser usar o Oracle VM VirtualBox e instalar o Windows como um máquina virtual. Você pode então ligar facilmente a máquina sem ter que desligar o Ubuntu.