O Ubuntu faz uso extensivo do Python em suas distribuições. Por essa razão, minha política é deixar as versões fornecidas do Ubuntu estritamente sozinhas e atualizá-las apenas através do gerenciador de atualizações ou do apt-get. Desta forma eu evito o risco de desestabilizar algum pedaço do código do Ubuntu que depende de uma versão particular do pacote / módulo python.
Eu faço todo o meu trabalho de desenvolvimento em espaços de trabalho virtualenv e configuro minha linha de comando e o Eclipse para usar o espaço de trabalho apropriado para qualquer aplicativo em que estou trabalhando. Assim, não interfiro no Ubuntu e o Ubuntu não interfere em mim.
É bastante provável que uma instalação dupla do lxml "funcione", mas a instalação provavelmente será frágil. Por que correr o risco?