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Tente explorar se os arquivos / pastas estão ocultos. Ctrl + H exibirá todos os arquivos ocultos no Ubuntu.
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Se os arquivos não estiverem presentes, é mais provável que ele seja excluído.
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Não adicione nenhum arquivo e certifique-se de não escrever nada no pen drive e tente recuperar arquivos apagados usando alguns softwares como Testdisk