Acredito que a visualização 3D (estéreo) com o 3D Vision no Linux é suportada apenas para placas Nvidia Quadro. A série Quadro destina-se ao uso profissional.
FAQ da Nvidia aqui .
Caso alguém chegue a essa pergunta e tenha uma placa gráfica Quadro, então aqui estão algumas boas instruções sobre como obter estéreo trabalhando no linux.