Depois de uma pesquisa extensa no Google, descobri que, como root, posso editar /usr/share/applications/defaults.list e /usr/share/applications/mimeinfo.cache e alterar todas as referências a nautilus em ambos os arquivos para nemo e a alteração entra em vigor assim que como eu salvo. Como não estou mais usando o Unity e nem tenho o Nautilus instalado, essa solução é segura e eficaz.