Eu tenho o mesmo problema com o Empathy e o Facebook, e esse tem sido o caso há muito tempo.
Além disso, desde 13.10, tenho tido problemas com o Google Hangouts e o MSN.
Para o Google Hangout: recebo a notificação de que tenho uma nova mensagem, mas ao abrir a caixa de diálogo de chat, recebo agora a mensagem (mas consigo ver i gmail, g + etc). Além disso, a barra de título diz algo sobre eu ter -1 mensagens não lidas.
Para o MSN: nem se conecta mais.
Parece estranho ter um aplicativo de bate-papo padrão no Ubuntu que realmente não funciona muito bem. Remova tudo junto como padrão ou corrija-o. Em muitos fóruns, recomenda-se que as pessoas usem o Pidgin, se esse for o caso, o Pidgin deve ser o padrão no Ubuntu desde o começo.