Você não forneceu o fato mais interessante, qual é a marca e o modelo do seu SSD ? Eu instalei muitos SSDs diferentes em vários sistemas, mas apenas um deles faz esse tipo de problema , um OCZ Agility 2 com o controlador Sandforce . Seu problema é muito provavelmente relacionado a hardware. Uma solução poderia ser atualizar seu firmware SSD, mas isso vem com o risco não tão improvável de perder todos os seus dados, é por isso que eu não fiz isso. Se é o mesmo problema que o meu ssd tem, que o espaço em disco usado deve ser normal após uma reinicialização?