Crie um arquivo de texto para o script. Um script deve ter em sua primeira linha o chamado shebang:
#!/bin/bash
Assim, o seu script geral deve ficar assim
#!/bin/bash
java -jar JavaApplication3.jar
salve seu arquivo agora vá para propriedades- > permissões e marque a opção "é executável". Certifique-se de que seu arquivo tenha permissão para ser executado.
Agora clique duas vezes .........
é tudo feito se divertir