Acabei de instalar o Ubuntu 13 e, ao tentar configurar o Eclipse no meu computador, me deparei com um problema estranho - a barra de ferramentas do Eclipse se recusa a funcionar corretamente se eu não executar o executável do Eclipse como root.
Aqui estão imagens do que estou falando. A primeira captura de tela é do Eclipse quando não a executo como root. A barra de ferramentas (ou seja, a barra com 'file', edit, '' refactor 'e assim por diante) é mesclada com a barra de ferramentas do sistema. Eu poderia suportar isso, exceto pelo fato de que nenhum dos ícones são clicáveis, isto é, clicar em 'arquivo' não dá dropdown 
ApróximacapturadetelaédoEclipsequandoexecutadacomoroot-abarradeferramentaséligeiramentedeslocadadabarradeferramentasdosistema,temolayoutquetodosconhecemoseamamoseéperfeitamentefuncional.
Para a vida de mim eu não consigo entender porque isso está acontecendo. Eu tentei fazer o redownload do Eclipse, executá-lo sob JDKs aberto e Sun, e em cada situação o mesmo problema surge. Como você pode imaginar, é muito chato ter que navegar para o executável, abrir um terminal e executá-lo com privilégios de sudo sempre que eu quiser abrir o Eclipse (o que é muito), então estou procurando soluções para esse problema. / p>
Estou, novamente, executando o Ubuntu 13 (nunca tive esse problema com 12), usando o Sun JDK. O dono do executável sou eu.
Se é importante antes de realmente abrir o Eclipse e ver os problemas eu usei as instruções da principal resposta deste thread askubuntu para criar um ícone na área de trabalho para o Eclipse.
De qualquer forma, esperando ver suas respostas em breve!