Eu acredito que o que você está procurando é um utilitário terminal chamado wmctrl
Não está instalado no Ubuntu por padrão, mas pode ser encontrado nos repositórios:
sudo apt-get install wmctrl
Você pode usá-lo para realizar uma série de operações - no seu caso, pode mover uma janela para um desktop específico após ser lançado.
firefox &
wmctrl -r :ACTIVE: -t 2
O conjunto de comandos acima iniciará o firefox e moverá a janela ativa (firefox) para a área de trabalho 2.
Se o firefox demorar muito para abrir sua janela ativa, você pode tentar usar um comando wait antes de executar o wmctrl.
Você pode criar um script de shell com estes comandos e fazer o KDE para executá-lo na inicialização do utilitário "Autostart".