Você pode usar a linha de comando para alterar a configuração assim:
gconftool-2 -s /apps/metacity/window_keybindings/close -t string "<Control>q"
Isso deve mudar a configuração e mantê-lo por meio de uma reinicialização. Eu mesmo não testei, mas se não funcionar você pode sempre adicionar o comando aos seus comandos de inicialização.
Uma maneira de fazer isso é adicionar o comando ao seu arquivo /etc/rc.local
.
Adicione o comando acima ao arquivo logo antes da entrada exit 0
. Certifique-se de que o arquivo termina com exit 0
.