Aproveitei o tempo para baixar a mesma versão que você mencionou e fiz o guia que escrevi em Como instalar e configurar o Wine?
Eu também segui em Como eu instalo o MATLAB R2012a? mas a resposta não funcionou.
Fui então à lista de appdb para ver o Matlab
O programa ou pelo menos esta versão não está funcionando corretamente. Então, pelo tempo que vou continuar a cavar já que este é um dos melhores aplicativos e tentar oferecer um bom suporte, mas no momento não está funcionando com as versões 1.6.x ou 1.7.x.
Eu sugeriria usar uma versão menor (Wine 1.5.x) se for possível ou esperar até que eu atualize esta resposta com um teste mais recente que realmente funcione. Mas pelo menos por enquanto, o Matlab 2012 não está funcionando.
Sua outra maneira é usar o Virtualbox e depois executar o MatLab a partir dele. Apenas no caso, para copiar o MatLab do Ubuntu para o virtualbox, caso você tente, é lendo este guia: Compartilhamento entre Host e Convidado no Virtualbox