Você usa o xdotool. Observe que a tecla de atalho unidade padrão para minimizar a janela ativa é Ctrl-Alt-0, mas isso significa SOMENTE o teclado numérico zero. Se você digitar a chave zero comum, aquela entre o 9 e o -, então não funcionará. (Também não quando se digita no teclado.
O Xdotool conhece a tecla zero do teclado numérico como 'KP_Insert'.
Então, para minimizar a janela ativa, você primeiro certifica-se de que o xdotool está instalado, então use o comando:
Chave xdotool Ctrl + Alt + KP_Insert
(Observe que a chave Alt-F3 mencionada em outra resposta não funcionará