no modo padrão, o gráfico conecta todos os pontos com uma linha. com o enredo (y3, '.') você apenas traça os pontos propriamente ditos. você pode escolher entre diferentes símbolos para traçar como '*', 'x' e mais.
Se você realmente precisa conectar os pontos, você pode dividir o vetor em diferentes subvetores e plotar todos eles separados.
t = [0:1:9];
x = [ones(1,5) -ones(1,5)];
figure(1)
plot(t(1:5),x(1:5),'b',t(6:end),x(6:end),'b')
axis([0 10, -2 2])