Através de vários plugins Compiz (do pacote extra, eu acho), você pode maximizar uma janela (por título), e colocá-lo em segundo plano (possivelmente até mesmo torná-lo unclickable). Infelizmente, esqueci quais eram os plugins específicos.
Além disso, nunca tentei isso com o Unity. Espero resultados melhores do que antes, porque a barra de menus dos programas nunca será visível, e as janelas maximizadas só têm controles no painel - que estarão ocupados fazendo outras coisas.