Quando você faz uma distalização, você passa para o novo kernel. Excetuando problemas, você normalmente nunca iniciaria em um dos kernels mais antigos que você deixou para trás. Eu gosto de remover todos, exceto os dois mais recentes de linux-image * e linux-headers * depois de ter acumulado quatro ou cinco. Eu descartei 3.8.0-19.30 a 3.8.0-26.38, e devo fazer outra limpeza.
Eu não sei porque um aplicativo afetaria / boot embora. Você talvez, eu não sei, pegue um kernel de baixa latência na mesma instalação?