Eu geralmente compilo o kernel sozinho, mas no final eu corro sudo grub-mkconfig > grub_config
e, em seguida, sudo mv grub_config /boot/grub/grub.cfg
e talvez cp essa configuração antiga do grub para um backup. Eu duvido que este seja o problema, talvez algo a ver com os kernels que você está usando. Eles estão na sua pasta / boot? E é uma configuração adequada para eles também?