Parece que algo deu errado com a sua desinstalação! ;)
Meu palpite é que quando você desinstala o Windows, ele faz parte do Grub (Bootloader padrão do Ubuntu) com ele. Eu me deparei com problemas semelhantes, embora eu não tenha certeza se é exatamente o mesmo.
Para corrigir meus problemas quando perdi meu gerenciador de inicialização, iniciei um LiveCD / USB e, em seguida, executei o chroot na minha instalação do HDD do Ubuntu. A partir daí, corri update-grub e, a partir daí, funcionou bem novamente.
A resposta aceita Aqui Dá uma explicação passo a passo do que foi dito acima.
== Outro pensamento ==
Também é possível que quando você desinstala o Windows, algumas configurações com o grub sejam alteradas, isto é, o setor que ele inicializa (hd (0,1) etc).