Se você estiver realmente preocupado com a segurança dos arquivos e diretórios do seu computador, tente criptografar com o algoritmo de criptografia tripla AES-Twofish-Serpent.
Há um ótimo tutorial detalhando as etapas necessárias para criptografar arquivos individuais e também diretórios. É muito detalhado para postar aqui e também não tenho permissão para copiar o conteúdo.
As etapas descritas pelo blogger em seu post parecem sugerir que é melhor. Siga este link para ver as etapas que ele descreveu . Espero que isso ajude você com sua situação.