Eu inicializei o XP em um disco MBR e vários Ubuntu's de 10.10 a 12.04 em unidades gpt sem problemas com o antigo sistema de BIOS.
Alguns BIOS apresentam problemas com o mapeamento de unidades. Grub (e Windows?) Consideram que a unidade de inicialização seja hd0, já que ela é do BIOS. Quando você carrega em cadeia a partir do grub, ele geralmente mapeia drives para fazer o Windows pensar que ele foi inicializado a partir de hd0, mesmo que seja hd1 da BIOS. Mas devido a problemas de mapeamento, a única solução que vi é instalar o grub no MBR da unidade do Windows. Então essa unidade é hd0 do BIOS e nenhum mapeamento é necessário. O Ubuntu irá então inicializar bem a partir de outra unidade.
O novo UEFI usando um modo de emulação do BIOS pode não funcionar com o antigo mapeamento do grub.