Existe uma maneira simples de contornar isso.
Renomeie o arquivo que você baixou para dizer Ubuntu-12.04 em vez do Ubuntu 12.04.3
Quando você estiver no instalador, selecione "Ubuntu 12.04 64bit" e a iso deve ser selecionável para você.
O motivo pelo qual você não pode selecionar seu arquivo é um projeto ruim dos criadores da ferramenta. Eles usam alguma forma de regex para filtrar os arquivos pelo nome, mas não consideram a versão após 12.04 - o que faz com que eles sejam filtrados para falhar.