Bem, acredito que você possa ter outro programa que está bagunçando o som no Skype. O próprio Skype é muito bugs para o Linux. Não é muito bem construído, na minha opinião, de problemas passados que tive com o Skype. Você pode tentar reinstalar o Skype, se puder. Eu não posso dar uma resposta muito técnica, mas eu pensei que mesmo apenas tentando ajudar pode fazer você se sentir um pouco melhor. Espero ter ajudado.