O Wubi instala o Ubuntu "dentro" do Windows como se fosse um programa. Ele não altera as partições no disco rígido, mas cria um sistema de arquivos virtual que é um arquivo grande criado no sistema de arquivos do Windows. Você deve (ver aqui ) ser capaz de manter este arquivo grande em um volume de disco rígido separado, além de C:\
, contanto que o Windows possa vê-lo.
Para remover o Ubuntu, basta "desinstalar" com "Adicionar ou remover programas" no Windows.