Você pode usar o dconf de um terminal para gravar as configurações.
Defina-o (substitua ## pelo seu tamanho preferido):% dconf write /org/compiz/profiles/unity/plugins/unityshell/icon-size ##
Redefina para o padrão: dconf reset /org/compiz/profiles/unity/plugins/unityshell/icon-size
Isso, é claro, só funcionará se você tiver o dconf instalado, o que pode ser feito facilmente no terminal:
sudo apt-get install dconf-tools
Espero que isso ajude.