Não está no diretório regular bin , pois não é um aplicativo que deve ser executado diretamente pelo usuário. É /usr/lib/indicator-messages/indicator-messages-service , pois é lançado programaticamente por outros meios.
Se você simplesmente não quer que ele seja mostrado, você pode simplesmente fazer sudo apt-get remove --purge indicator-messages e matar o processo existente, ou sair e voltar.