Ao criar um pendrive no Ubuntu, as alterações não serão salvas entre as reinicializações, a menos que você tenha ativado a persistência . Meu palpite é que você não definiu nenhuma persistência para o seu pendrive, portanto, quaisquer alterações feitas ou arquivos salvos não serão salvos. Há algumas maneiras de verificar, mas o mais fácil é inicializar o USB, fazer algumas alterações (alterar o plano de fundo e criar alguns arquivos), reinicializar e verificar se as alterações estão lá.
Aposto que você descobrirá que não são. Então remake você pendrive, mas desta vez com persistência. Uma maneira simples de fazer isso é usando o UNetBootin.
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Download do UNetBootin
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Selecione o Ubuntu como a distribuição e eu iria com 12.04 ou 13.04 como a versão
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Defina a persistência para 4000MB. nota: O máximo é de 4 GB, existem maneiras de superar se você quiser fazer alguma pesquisa.
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Verifique se a sua unidade USB está selecionada e clique em OK
Agora você pode salvar alterações e arquivos nas reinicializações.