Ok:
- Você instalou o Ubuntu em um disco rígido secundário, em um hardrive externo ou em alguma outra forma de mídia diferente da instalação do Windows.
Resposta: Altere as opções de inicialização para colocar o local onde você instalou o Ubuntu como prioridade sobre o seu HD principal.
Eu estou supondo que seria o problema. Se não, responda e atualizarei minha resposta.