Por inserir entrada, você quer dizer que corre flex em um terminal e depois escreve as regras de lexing manualmente no terminal?
Nesse caso, você indica o final da entrada com um caractere EOF (fim de arquivo), que é gerado digitando Ctrl-d . Isso também se aplica a quaisquer outros utilitários de terminal que leiam dados de stdin .
Exemplo mínimo:
user@host:~ flex
%%
... adiciona o final do arquivo com ctrl-d e a saída é gravada em lex.yy.c no mesmo diretório.