Por favor, verifique se a linha no /etc/apt/apt.conf está no seguinte formato:
Acquire::http::proxy "http://username:password@yourproxy:80";
Isso está incluindo o; no final, e as cotações em cada extremidade do endereço. Você pode encurtá-lo para o seguinte quando nenhuma autenticação for necessária.
Acquire::http::proxy "http://yourproxy:80";