Você está esquecendo a falha chave com o ITK ... O processo principal (que lida com todos os processos filhos) está sendo executado como root.
Se você pode atacar o Apache no início do processo, (em vez de um script php explorado), o hacker tem raiz. Kansas está indo tchau.
Eu não sou um especialista em segurança, mas o ITK parece uma grande responsabilidade em troca de uma configuração um pouco mais simples.