Você pode alterar os proprietários do diretório com o seguinte
chown apacheuser joomladir -R
Basta alterar o apacheuser e o joomladir para o usuário e diretório apropriados.
Editar:
Eu encontrei esta resposta quando pesquisava outro problema . Sua resposta é muito mais detalhada que a minha, e provavelmente tem alguma informação que seria relevante para você.