Eu encontrei uma resposta por mim mesmo.
1) clique com o botão direito na pasta do programa que você quer arrastar no seu dock e crie um arquivo vazio.
2) renomeie o arquivo, por exemplo como o programa com o final ".desktop" por exemplo name.desktop
3) agora abra "gedit" com o terminal ou com a sua unidade.
4) arraste e solte o arquivo .desktop no gedit e copie-o para ele. Você tem que editar o parâmetro (Name, GenericName, Exec, Icon) você pode mudar o parâmetro Categories se quiser.
[Desktop Entry]
Encoding=UTF-8
Name=programname
GenericName=thomething
Comment=
Type=Application
Exec=path/to/executable.file
Icon=path/to/image.file
Categories=programms;
Name[de_DE]=programname
5) agora salve o arquivo e feche o gedit.
6) clique com o botão direito do mouse no arquivo, clique nas propriedades e torne o arquivo executável.
7) agora você pode arrastar e soltar na doca de união