Se você estiver inicializando de um CD ao vivo (o que parece que você é), então ~/Desktop é a pasta /home/ubuntu/Desktop no live CD e está vazia.
Se você montou o arquivo Wubi root.disk , será necessário referenciá-lo diretamente do ponto de montagem. por exemplo. se você correu
sudo mount /dev/sda1 /media/win
sudo mount -o loop /media/win/ubuntu/disks/root.disk /mnt
Em seguida, você encontrará sua pasta da Área de Trabalho em /mnt/home/<your_username>/Desktop (substituindo <your_username> pelo seu nome de usuário da instalação do Wubi), não em ~/Desktop .