Acho que você está confundindo bibliotecas com pacotes
Quando você instala um pacote como o rthlibs através do sistema de gerenciamento de pacotes apt, tanto quanto eu sei, ele não olha diretamente para quais bibliotecas > você instalou no sistema - em vez disso, ele parece em que pré-requisitos pacotes você já instalou. Portanto, por exemplo, se você instalou as bibliotecas Qt5 construindo-as a partir do código-fonte, o apt-get não saberá que essas dependências estão satisfeitas e ainda desejará instalar os pacotes listados na seção 'depends' do pacote rthlib. Se esses pacotes contiverem versões de bibliotecas que conflitam com as que já estão no seu sistema, então o apt-get pode não ser capaz de resolver esses conflitos e a instalação falhará.
Além disso, 'linking' tem um significado específico em relação às bibliotecas - o ldconfig na verdade não liga nada, apenas diz ao carregador dinâmico onde procurar as bibliotecas especificadas.