Eu acho que você pode ter formatado acidentalmente sua partição do Windows, receio. Por favor, abra o Dash e procure por "Disk Utility" ou "Discos". Clique no seu disco rígido na lista do lado esquerdo e forneça uma captura de tela. Dessa forma, podemos ter mais certeza sobre o que aconteceu.
Além disso, quando você abre o gerenciador de arquivos, vê sua partição do Windows na lista à esquerda? Quando você clica nele, você vê o conteúdo que deveria estar lá (Documentos e configurações, Arquivos de programas, Windows, ...)?